משה זאקס נולד בשנת תק"ס (1800), בעיירה הגרמנית הקטנה דרייסיקאקר שבדוכסות סקסוניה-מיינינגן. הדוכסות הייתה אז חלק מ'האימפריה הרומית הקדושה', ומיד לאחר מכן הצטרפה ל'קונפדרציה של הריין', שהייתה תחת חסותו של נפוליאון בונפרטה. על משפחתו לא ידוע לנו כמעט דבר, והפרטים הראשונים מתולדותיו נוגעים ללימודיו בשורה של הישיבות החשובות במרכז אירופה.
הוא החל את לימודיו הגבוהים בישיבה בפיורדא (פירט), שם למד מפי ר' וולף המבורג ור' יהושע משה פלקוינר. לאחר שלוש שנים עבר לישיבתו של ר' נחום טרייביטש בפראג, לאחר מכן למד אצל ר' עקיבא איגר בפוזנא (פוזנן), ואז עבר ללמוד שלוש שנים בניקלשבורג, בישיבתו של ר' מרדכי בנעט. לימים סיפר כי בשנים אלו גמלה בליבו ההחלטה לעלות לארץ ישראל, אך הוא עוד הספיק ללמוד גם בישיבת פרשבורג המפורסמת אצל החתם סופר, שעודד בעצמו עלייה לארץ ישראל, ושנה נוספת אצל ר' יחזקאל בנעט, בישיבה בפקשׂ.
בגיל 30 עלה זאקס לארץ ישראל, כרווק. בהעדר עלייה ידועה מגרמניה בתקופה זו, הוא נחשב לעולה היהודי הראשון מגרמניה במאה התשע עשרה. לאחר שבילה את מיטב שנותיו בישיבות המרכזיות בגרמניה והונגריה, ולמד מפי גדולי הדור המפורסמים, הוא התאכזב לגלות שבירושלים אין בתי מדרש ברמה דומה לזו שהורגל בה. בנוסף, קשה היה לו להשלים עם מצבה הכלכלי של הקהילה הירושלמית, שנסמכה לחלוטין על כספי ה'חלוקה' מהקהילות בגולה.…
